Les enzymes ne se lient pas indifféremment à la place molecules-, chaque enzyme est conçu pour se lier uniquement à une molécule particulière, connue sous le substrat. Sur le substrat, il existe un groupe pliée de chaînes polypeptidiques, qui forment une rainure. L'exactitude enzyme aura un groupe similaire de chaînes polypeptidiques, ce qui lui permet de se lier au substrat. D'autres enzymes contiendront chaînes polypeptidiques qui ne correspondent pas.
En 1894, le scientifique Emil Fischer appelle ce modèle, le modèle de serrure et clef parce que l'enzyme et substrat emboîtent comme une clé dans une serrure. Selon un passage sur le métabolisme publié par Titan éducation, ce ne sont pas tout à fait exact parce que certaines enzymes se décomposent de manière inégale à la fin du processus catalytique.