Toutes les bactéries métabolisent des composés pour produire l'énergie dont ils ont besoin. Certains types de bactéries, appelées souches aérobies, ont besoin d'oxygène pour leur métabolisme. Autres types, appelés souches anaérobies, ne peuvent pas survivre à l'exposition à l'oxygène. Quelques types de bactéries, étiquetés facultative, peuvent tolérer une certaine exposition à l'oxygène, et ceux qui sont appelés aérotolérants peuvent tout simplement ignorer l'oxygène et de poursuivre leurs processus métaboliques.