Colonies bactériennes aérobies sont généralement considérés comme mieux pour le traitement des eaux usées sur place. Selon l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture, les bactéries aérobies sont moins sensibles aux produits chimiques ménagers que les bactéries anaérobies. Colonies bactériennes aérobies sont également mieux à faire tomber les déchets humains que les bactéries anaérobies. Toutefois, les bactéries aérobies sont moins capables de briser les solides inorganiques, ainsi les systèmes aérobies se bouchent plus facilement. Les bactéries aérobies exigent également aération constante, des pannes d'électricité afin longues peuvent nuire colonies bactériennes dans les systèmes aérobies.