Les bactéries sont identifiés en partie par le type d'environnement dans lequel ils vivent. Thermophiles signifie littéralement aimer température, et se réfère à des bactéries qui vivent dans des conditions chaudes. Salinophiles, ce qui signifie sel aimante, peuvent vivre dans des conditions extrêmement salins ou salés. Acidophiles prospèrent dans des conditions acides.
Les bactéries peuvent également être identifiés en termes de savoir si ils utilisent de l'oxygène ou non. Les bactéries anaérobies peuvent vivre sans oxygène, alors que les bactéries aérobies ont besoin d'oxygène pour vivre. Anaérobies facultatives sont les espèces bactériennes qui peuvent vivre avec de l'oxygène, mais peuvent aussi prospérer dans des environnements libres d'oxygène.
Les bactéries peuvent être classés en fonction de leur forme. bactéries Bacillus sont en forme de tiges, bactéries coccus sont en forme comme des sphères, et les bactéries de spirilus avoir une forme de spirale.