L'électrophorèse est conçu pour visualiser la séparation des molécules. Ce résultat est obtenu par divers procédés, y compris la coloration et autoradiographie.
Autoradiographie utilise films X-ray pour visualiser la position de molécules radioactives (par exemple, ADN) après la séparation. Ce type de visualisation est comparable à la prise de photos, dans lequel le x-ray est comme un flash d'appareil photo et le film x-ray est comme le film utilisé dans le développement de photos en noir et blanc. En électrophorèse, photos de molécules telles que les protéines dans le sang sont développés en utilisant une autoradiographie.
En coloration, des colorants tels que le bleu de coomassie et amidoblack sont mélangés avec des molécules, avant ou après le processus de séparation. Par exemple, le mélange de protéines avec Coomasie colorant avant l'électrophorèse donnera chemins colorés (petits points ou lignes) montrant le mouvement des protéines lors de la séparation.