Les deux principales applications de distillation fractionnée sont le raffinage du pétrole brut et la fabrication de spiritueux (boissons alcoolisées).
Le pétrole brut contient de nombreux produits chimiques différents, dont beaucoup ont des points d'ébullition similaires. Raffineries séparent ces produits chimiques par le point d'ébullition en divers produits. Les fractions à point d'ébullition inférieur deviennent gaz de pétrole ou de l'essence, les fractions à point d'ébullition intermédiaires deviennent mazout, de carburant diesel, du kérosène ou, et les fractions à point d'ébullition le plus élevé deviennent cire de paraffine ou de l'asphalte.
La fermentation des sucres en alcool arrête lorsque la teneur en alcool se rapproche de 13 pour cent car la levure ne peut survivre à des concentrations plus élevées d'alcool. Les points de l'alcool (78,5 degrés Celsius) et de l'eau (100 degrés Celsius) ébullition sont suffisamment similaires pour que les distilleries doivent utiliser distillation fractionnée pour concentrer l'alcool à environ 50 pour cent (qui est alors appelé «esprits»).