Le traitement secondaire est du type dans lequel les plus grands et les plus importantes différences techniques dans le traitement des eaux usées ont lieu. Il ya plusieurs façons d'aller sur la réduction des contaminants biologiques dans les eaux usées, mais une caractéristique commune est la promotion des micro-organismes à manger ou à éliminer les éléments indésirables d'eaux usées. Boues activées utilise l'oxygène dissous à promouvoir les procédés aérobies qui éliminent les déchets organiques. Une variante de ce type boues activées combine avec un système de séparation par membrane.
Des filtres biologiques aérés travail en utilisant un milieu de déposant (soit suspendue en solution ou attaché à une couche de gravier au fond de la cuve) pour atteindre l'élimination des matières organiques et la dénitrification.
Les lits filtrants mis les eaux usées dans un réservoir sur un lit de coke ou de calcaire puces qui soutiennent la croissance de micro-organismes qui se nourrissent de la matière organique dans les eaux usées. Ces micro-organismes, à leur tour, sont alimentés lors par les vers et autres.
Disques rotatifs de travail en plaçant le composant actif sur la face d'un disque. Il a ensuite tourné lentement dans le réservoir, il cesse ré-exposer à l'air libre et de fournir l'oxygène supplémentaire les microorganismes actifs ont besoin de travailler.
Pour les types de traitement qui ont des cuves ouvertes à ce stade, des aérateurs de surface peuvent être utilisés pour promouvoir un environnement propice à la croissance des micro-organismes actifs.
La dernière étape du traitement secondaire, indépendamment du type, est de nourrir les eaux usées dans un réservoir et laisser les sédiments de se déposer.