Les opinions divergent sur le risque relatif de contamination bactérienne d'origine naturelle par rapport éponges artificielles. Les promoteurs de santé naturels prétendent éponges de mer contiennent des enzymes qui inhibent la croissance bactérienne. Cependant, le mécanisme par lequel cela peut se produire est peu claire.
Une étude de 1992 publiée dans le "Journal of Clinical Microbiology" mis en garde contre l'utilisation d'éponges de luffa qui ne sont pas maintenu dans un état hygiénique. Éponges utilisées pour la baignade doivent pas être partagés entre les individus et doivent être autorisés à sécher complètement après chaque utilisation.
Les deux éponges naturelles et artificielles utilisées pour la cuisine et la vaisselle nettoyage deviennent facilement hôtes à des bactéries comme E. coli et Salmonella. Pour éviter cela, éponges artificielles peuvent être trempées dans de l'eau et stérilisés dans un micro-ondes pendant 1 à 2 minutes. Des éponges naturelles peuvent être bouillies ou trempés dans du peroxyde d'hydrogène, mais ces étapes peuvent amener la matière à se dégrader plus rapidement.