Le type le plus commun de deux microscopes sont microscopes optiques lumineuses et des microscopes à contraste de phase.
Microscopes optiques lumineuses visent la lumière à travers un condenseur sous la scène. La lumière passe à travers la face inférieure de l'échantillon, l'objectif et l'oculaire avant d'atteindre l'oeil de l'observateur. À l'oculaire, la lumière est amplifiée.
microscopes à contraste de phase fonctionnent par déplacement des ondes lumineuses afin de modifier le contraste. La lumière passe à travers à la fois le centre de la lentille et sur les côtés, mais la lumière sur les côtés frappe une plaque de phase, ce qui retarde le mouvement de la partie de l'onde lumineuse. La manipulation de pièces de l'onde lumineuse réduit la luminosité de l'objet quand il est consulté. Rice University indique que les microscopes à contraste de phase offrent un contraste plus dramatique, mais sont trop chers pour la plupart des laboratoires d'étudiants.