Il existe deux principaux types de mutualisme qui appliquent sur le récif de corail: mutualisme trophique et mutualisme défensif.
Mutualisme trophique se produit lorsque les deux espèces reçoivent une prestation similaire, par transfert d'énergie et de nutriments. Ce type de mutualisme se produit dans mutualismes animales-algues, tels que des polypes coralliens et dinoflagellés algues. Quand un dinoflagellés vit dans un corail, il est appelé un zooxanthelles. Le corail utilise des sous-produits de la photosynthèse des zooxanthelles que la nourriture, et le corail sécrète une substance muqueux qui protège les zooxanthelles. Le corail protège également les zooxanthelles d'organismes qui pourraient manger et la lumière ultraviolette intense qui pourrait le tuer.
Mutualisme défensif se produit lorsque une espèce reçoit de la nourriture et un abri en échange pour protéger son partenaire contre les prédateurs. Par exemple, avec le mutualisme entre l'étoile de mer et le ver de l'échelle, le ver de l'échelle vit dans ou près de la bouche de l'étoile de mer. Comme l'étoile de mer mange, le ver de l'échelle se retailles de nourriture. Inversement, si un prédateur tente d'attaquer une étoile de mer, le ver de l'échelle utilise ses mâchoires semblables à des pinces acérées pour mordre le prédateur.