Le Mercury Cougar 1999 dispose de deux options de moteur. Le moteur de base est un 2,0 litres, en ligne à quatre cylindres qui produit 130 chevaux. Le moteur est une option de 170 chevaux de 2,5 litres V-6. Peu importe la taille du moteur, le Cougar 1999 a un diagnostic embarqué (OBD) ordinateur de bord avec un port OBD-II.