Vacuoles contiennent l'eau nécessaire, des ions et une gamme de molécules organiques produites par la plante, dans de nombreux cas, y compris ceux pour le pigment, ou des produits chimiques qui produisent le parfum distinctif ou de la saveur d'une plante. Dans les oignons de la vacuole est très grande et distincte. L'odeur caractéristique de l'oignon est produit par la combinaison de précurseurs d'arômes présents sous forme de molécules organiques dans le cytoplasme, et un produit chimique organique secondaire, l'enzyme allinase, qui est contenue et limitée à la vacuole de l'oignon. Seulement lorsque l'oignon est endommagé par la coupe, des ecchymoses, l'attaque d'insectes ou de rongeurs ou si certains destruction mécanique similaire sont les précurseurs et l'allinase combinée, formant un parfum puissant. De même, dans les oignons rouges, la coloration de l'oignon est contenu à l'intérieur de la vacuole.