La plupart des espèces de crocodiles vivent dans des habitats d'eau douce, comme les rivières, les lacs, les lagunes et des zones humides. Certaines espèces, notamment le crocodile d'eau de mer de l'Australie et de l'Asie, seront habituer eau saumâtre (eau avec une salinité entre celle de l'eau douce et eau de mer) sur le littoral car ils ont une glande spéciale sur leur langue qui leur permet de débarrasser leur corps de l'excès de sel. Les crocodiles peuvent être territorial, vivre une vie solitaire sauf pour des périodes d'accouplement, de et peuvent rester dans leur source d'eau de la maison, même si tarit en période de sécheresse. Cependant, ils se rassemblent en grands groupes, si la nourriture est abondante.