Initialement appelé impression aniline, la forme précoce de la flexographie utilisé aniline encre. En raison de sa toxicité, de l'encre de colorant aniline a été banni de l'emballage alimentaire. Les premières encres, non traitées chimiquement, sont constamment soumis à enduire et le saignement lorsqu'elle est utilisée dans les machines d'impression d'origine. Avec beaucoup d'essais et d'erreurs, de nouvelles méthodes et machines ont été développés pour parfaire l'utilisation des encres d'aniline originaux. L'encre elle-même a également été modifié et amélioré, avec la forme originale étant remplacée par des formules qui inclus des résines de polyamide qui ont permis plus rapide temps de séchage et des vitesses de production accrus.
Impression flexographique du passé utilisé de nombreuses encres à base de solvants qui, indépendamment d'être sans danger pour l'emballage alimentaire, ont été préjudiciables à l'environnement. Le Clean Air Act, dans les années 1980, a conduit les imprimantes à commencer à se concentrer sur les encres à base d'eau. Avec la recherche et le développement, aujourd'hui, la plupart des presses d'impression sont facilement adaptés à des encres à base d'eau, et permettent également des imprimantes à recycler l'encre pour une utilisation ultérieure.